Alle elever kommer på lejrskole et par gange i løbet af deres tid på Fanø Skole. I øjeblikket er det 5. klasserne, der rejser afsted til et sted i Danmark, og 9. klasserne rejser til et sted i Europa (Italien).

Rejserne er altid godt forberedt og med et fagligt indhold, der fylder meget både inden afrejse og hjemme igen.