Elevrådet har en tydelig plads på Fanø Skole og er fx repræsenteret i bestyrelsen. Elevrådet er sammensat af elever fra mellemtrin og udskoling. Alle elever er valgbare, kan stille op til valg og på den måde blive valgt ind i elevrådet.

Elevrådet støttes af en lærer, der har til opgave at hjælpe med struktur og mødeafholdelse. Ledelsen deltager jævnligt i elevrådets møder og samarbejder i udvalg. Elevrådet høres altid ved ændringer på skolen af fx organisatorisk eller bygningsmæssig karakter.